Zarafasaura lần đầu tiên được đặt tên bởi Peggy Vincent, Nathalie Bardet, Xabier Pereda Suberbiola, Baâdi Bouya, Mbarek Amaghzaz và Saïd Meslouh trong năm 2011 và loài điển hình là Zarafasaura Oceanis. Tên chi có nguồn gốc từ Zarafa (زرافة), trong tiếng Ả Rập nghĩa là "hươu cao cổ" (tên do người dân địa phương gọi để chỉ các plesiosaurs được tìm thấy trong các mỏ phốt phát) và saurus, tếng Hy Lạp nghĩa là "thằn lằn". Tên loài được bắt nguồn từ Oceanis, tiếng Latin nghĩa là "con gái của biển".[1]